La diagnosi delle malattie allergiche può essere suddivisa in una prima fase che accerta l’esistenza dell’allergia e una seconda fase, più complessa, che determina quali sono gli allergeni specifici.
Gli allergeni sono identificati con test diagnostici specifici, eseguibili in molti laboratori di analisi pubblici o convenzionati. I più comuni sono le prove cutanee: si provoca una piccola reazione allergica pungendo con una lametta la pelle sulla quale è stata versata una goccia di estratto di allergene. Nel caso degli alimenti, la lametta è prima messa in contatto con l'alimento da testare.
La conferma della diagnosi avviene attraverso la ricerca degli anticorpi contro gli allergeni e il test di eliminazione e provocazione: l'allontanamento dell’allergene dalla persona e la sua successiva riesposizione.